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降低引物的扩增效率,也需要重新设计并合成引物,浙江提供迈杰转化医学NGS平台郑重承诺。3、初次复合扩增时,各个引物在反应体系中的浓度均为μm;之后对引物浓度进行调整,获得进行pcr扩增时各个引物的**佳浓度。经过上述步骤,获得引物组合。引物组合由120条引物组成,用于检测68个基因座。各个基因座的名称、扩增基因座对应的引物名称和引物的核苷酸序列依次见表1中第1列、第2列和第3列。进行pcr扩增时各个引物的**佳浓度见表1中第5列。表1各个基因座对应的引物在hg38人类参考基因组(hg38人类基因组的信息见网址./goldenpath/hg38/bigzips/)中的pcr扩增产物的长度和核苷酸序列详见表2。各个str基因座的pcr扩增产物的长度范围分布见图1。表2三、基于二代测序技术检测68个基因座的试剂盒的制备基于二代测序技术检测68个基因座的试剂盒包括引物混合物;引物混合物由步骤二制备的120条引物混合而成。实施例2、实施例1制备的试剂盒检测标准品2800m的str分型及其应用一,浙江提供迈杰转化医学NGS平台郑重承诺,浙江提供迈杰转化医学NGS平台郑重承诺、实施例1制备的试剂盒检测标准品2800m的str分型1、dna样本准备取标准品2800m,用超纯水稀释,获得浓度为1ng/μl的标准品2800m水溶液。2、pcr扩增以标准品2800m水溶液为模板,采用实施例1步骤三制备的引物混合物进行pcr扩增,得到pcr扩增产物。迈杰转化医学提供完整的多平台多组学服务,打造流程化yao企业合作。浙江提供迈杰转化医学NGS平台郑重承诺
P7的序列:5’-CAAGCAGAAGACGGCATACGAG3’。PCR总体系为:2倍PCRMix15uL,10umol/LP71uL,1umol/LOP1uL或OP2uL,DNA5uL,NFW5uL。上述技术方案中,作为推荐,所述步骤4中的PCR总体系10uL具体为:VAHTSSYBRqPCRMasterMix5uL,qPCRPrimerMix1uL,DNA2uL,ROXReferenceDye2,NFW5uL。上述技术方案中,作为推荐,所述的***轮PCR扩增循环数目为10-14。上述技术方案中,作为推荐,所述的第二轮PCR扩增循环数目为10-14。本发明的优点和有益效果在于:提供一种基于多重PCR的二代测序建库技术。在二代测序过程中采用该技术则不需要再购买商业的建库试剂盒,所有反应试剂都可以单独购买组合,极大的降低了实验成本。另外由于在PCR过程中固定了一端的通用引物,极大的降低了多重PCR反应体系中的引物种类和数量,可以有效的抑制非特异性扩增和引物之间的相互干扰,也降低了不同引物间的扩增效率的差异。附图说明为了更清楚地说明本发明实施例或现有技术中的技术方案,下面将对实施例或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍,显而易见地,下面描述中的附图**是本发明的一些实施例,对于本领域普通技术人员来讲,在不付出创造性劳动性的前提下,还可以根据这些附图获得其他的附图。河南多组学迈杰转化医学NGS平台创新服务迈杰转化医学可以提供覆盖肺ai、肠ai、肝ai、胃ai、乳腺ai、前列腺ai等多种实体瘤的上百项检测项目。
吸弃上清。f.每孔加入100uL80%乙醇,静置30秒,吸弃上清。重复一遍。短时离心,吸弃上清。g.晾干3-5分钟,观察磁珠表面不再潮湿反光,成雾面状,可离开磁力架,每孔加入30uLNFW,吹打混匀重悬磁珠,室温孵育1分钟。h.孔板再次放上磁力架,等待2分钟,溶液澄清后,转移上清到新的孔板中。实施例3.多重PCR一、***轮多重PCRa.按照QubitdsDNAHSAssayKit操作手册检测样品浓度,根据Qubit检测的样本浓度,每个样品取同样的量(10ng),每5~10个样本混合在一起转移到新的孔板中。b.***轮特异性引物是普通的PCR扩增引物,共20个左右的碱基,Tm值设定在60℃,序列根据目标区域设计得到,多个引物混成一个OP引物池做为***轮PCR的上游引物。配置PCR总体系,按照理论值的125%配,震荡混匀,短时离心。c.孔板放入PCR仪中,选择MAPlex-1st程序运行2个小时。二、PCR产物纯化,取下孔板,打开盖子,每孔加入60uL的磁珠,吹打混匀,室温下孵育5分钟。b.将孔板或八联管放上磁力架,等待2分钟,溶液澄清后,吸弃上清。c.每孔加入100uL80%乙醇,静置30秒,吸弃上清。重复一遍。d.晾干3-5分钟,观察磁珠表面不再潮湿反光,成雾面状,可离开磁力架,每孔加入20uLNFW,吹打混匀重悬磁珠。
实施例3、实施例1制备的试剂盒的准确性验证1、取1ng标准品2800m、样本一、样本二或样本三(见实施例2中步骤二),按照yfilerpluspcramplifcationkit(thermofisherscientific)的说明书步骤进行毛细管电泳检测,得到各个基因座的等位基因基因型。分型结果见表4。表4注:m为毛细管电泳检测技术的分型结果,e为二代测序技术的分型结果。2、按照实施例2中步骤一的方法检测标准品2800m、样本一、样本二或样本三,得到各个基因座的等位基因基因型。分型结果见表4。结果表明,实施例1制备的试剂盒与yfilerpluspcramplifcationkit重合的基因座,在标准品2800m、样本一、样本二和样本三中的分型结果完全一致。实施例4、实施例1制备的试剂盒中引物具有不可替换性实施例1制备的试剂盒是本发明的发明人经过大量实验获得的,主要包括扩增各个基因座引物的反复调试和引物浓度的摸索。由于复合的基因座数目较多,引物间相互抑制情况复杂,所以试剂盒中用于扩增各个基因座的引物不可替换。1、设计并合成表5中第2列所示的、用于扩增65个str基因座的引物,然后混合,获得引物混合物1。设计并合成表5中第4列所示的、用于扩增66个str基因座的引物,然后混合,获得引物混合物2。 迈杰转化医学有多年的药企服务经验,紧跟药物研发趋势,熟悉新药研发动向。
图7IHC检测FGF-19过表达(左:正常胆囊组织(阳性对照);右:肝细胞*组织(弱阳性))➤➤方案4:RNAscope法评估FGFR1/2/3/4的mRNA表达水平此外,RNAscope在细胞原位评估mRNAs水平方面,能够更直接精细地确定基因的扩增状况。迈杰转化医学在数字病理平台上已经建立了检测FGFR过表达的RNAscope的方法,可以原位检测FGFR1-4mRNAs表达水平,为FGFR抑制剂的生物标志物检测和研究提供了更多可能(图8)。图8RNAscope检测肺*总FGFR1/2/3/4的mRNA表达水平除以上示范,迈杰转化医学还可提供其他类型(如PD/PK生物标志物)解决方案并已有相关经验(表7)。References:[1]HelstenT,ElkinS,ArthurE,[J].ClinicalCancerResearchAnOfficialJournaloftheAmericanAssociationforCancerResearch,2016,22(1):259.[2]TurnerN,.[J].NatureReviewsCancer,2010,10(2):116-129.[3]PetersKG,MarieJ,WilsonE,[J].Nature,1992,358(6388):678-681.[4]KangS,ElfS,DongS,.[J].MolecularandCellularBiology,2009,29(8):2105-2117.[5]BabinaIS,[J].NatureReviewsCancer,2017,17(5):318.[6]NataliaPorębska,Marta,.[J].JournalofClinicalMedicine。 迈杰转化医学拥有专业的病理医生提供相应的阅片或远程病理阅片服务。山西抗体全迈杰转化医学NGS平台服务至上
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降低引物的扩增效率,也需要重新设计并合成引物。3、初次复合扩增时,各个引物在反应体系中的浓度均为μm;之后对引物浓度进行调整,获得进行pcr扩增时各个引物的**佳浓度。经过上述步骤,获得引物组合。引物组合由120条引物组成,用于检测68个基因座。各个基因座的名称、扩增基因座对应的引物名称和引物的核苷酸序列依次见表1中第1列、第2列和第3列。进行pcr扩增时各个引物的**佳浓度见表1中第5列。表1各个基因座对应的引物在hg38人类参考基因组(hg38人类基因组的信息见网址./goldenpath/hg38/bigzips/)中的pcr扩增产物的长度和核苷酸序列详见表2。各个str基因座的pcr扩增产物的长度范围分布见图1。表2三、基于二代测序技术检测68个基因座的试剂盒的制备基于二代测序技术检测68个基因座的试剂盒包括引物混合物;引物混合物由步骤二制备的120条引物混合而成。实施例2、实施例1制备的试剂盒检测标准品2800m的str分型及其应用一、实施例1制备的试剂盒检测标准品2800m的str分型1、dna样本准备取标准品2800m,用超纯水稀释,获得浓度为1ng/μl的标准品2800m水溶液。2、pcr扩增以标准品2800m水溶液为模板,采用实施例1步骤三制备的引物混合物进行pcr扩增,得到pcr扩增产物。 浙江提供迈杰转化医学NGS平台郑重承诺
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