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环境监测管理系统的结构有：监测仪器层。该层主要包括一些测量仪器和自动分析仪等监测设备，在线分析仪种类的选择是根据污染源企业所排放的污染物，将各类监测仪器安装在污染源企业的排污口，用以监测污染源的指标，如利用电磁流量计设备监测流量指标，利用氨氮在线分析仪设备监测氨氮浓度指标等。数据采集层：在排污口安装数据采集器，并通过标准接口如RS485或标准工控信号4~20mA与相应的污染源在线监测仪器连接。数据采集器通过处理、统计监测仪器监测到的各类测量数据后，传送到监控中心。数据采集层采集到的数据信息是公共卫生环境监测管理系统获取监测数据的主要来源。

我国环境监测技术存在的问题，环境监测结果不能充分反映环境质量。1、环境监测指标落后。目前我国的环境监测项目和环境现状还不完全适应。同时，环境监测项目缺乏针对性，在较轻的污染项目中进行了重复监测。另一方面，可能表征污染状况的有害参数对污染指标要增加，但尚未增加。2、境监测频率低。由于受到人力、物力、财力的有效限制，现在的环境质量和污染源监测频率较低，结果方面不完全，因此无法准确反映实际环境质量和污染情况。环境管理在环境质量评价、企业污染行为判定等方面处于被动管理现象。3、环境监测因素较少。目前，对水、大气等环境要素进行定期监测，通过对土壤、沉积物、固体废物、大气粒子、生物体等众多环境要素中有害物质的监测，未能实现系统监测的目标，对区域环境的整体质量缺乏信心。紧急监测技术相对落后。